REGNUM (ALEM): MONERA
Monera aleminde incelenen tüm canlılar, zar ile çevrili gerçek organelleri bulunmayan prokaryot hücre yapısına sahiptir. (Bkz. Prokaryot hücre ile ökaryot hücre arasındaki farklar) Kitin yapıda bir hücre duvarı ve halkasal yapıda basit bir genetik materyal taşıyan bu canlılarda, amitotik hücre bölünmesi ile çoğalma görülür.
Monera alemi sınıflandırılırken, hayvanlar ve bitkiler gibi diğer canlı gruplarını sınıflandırmak için kullanılan terimlerin ve sistemlerin bu canlı grubuna uyarlanmış ve farklılaştırılmış halleri kullanılır. Monera yani “bakteriler” alemi öncelikle “domain” adı verilen iki gruba ayrılır:
1. Bacteria
2. Archaea
Çok yakın bir tarihe kadar bakteriler aleminde böyle bir ayırım söz konusu değildi. Fakat son yıllarda özellikle hücre biyolojisi, mikrobiyoloji ve genetik alanındaki hızlı gelişmeler, birbirinden çok farklı iki grup bakteri olduğunu ortaya koydu. (Bkz. Bacteria ve Archaea arasındaki farklar)
1. Domain: Bacteria – Gerçek Bakteriler
Laboratuar kültürleri üzerinde yapılan karşılaştırmalı ribozomal RNA 16S alt birimi sekans (dizilim) analizine dayanarak 14 Bakteri alemi belirlenmiştir. Mikrobiyel habitatlardan alınan örneklerin araştırılmasıyla da bunların dışında bir miktar daha alem tanımlanmıştır. Fakat, Bacteria’nın içinde gerçekte bulunan alem sayısının bundan çok daha fazla, büyük olasılıkla 50’nin üzerinde olduğu düşünülmektedir. Bu da demek oluyor ki, bizim laboratuar kültürlerinden bildiğimiz bakteriler buzdağının yalnızca görünen kısmı.
Bacteria içindeki Spirochetes ve Cyanobacteria gibi bazı dallar daha önceden, morfoloji, fizyoloji gibi fenotipik özellikleri göz önünde bulundurularak ayrılmışlar. Fakat diğer şubelerin çoğunda bulunan türler arasında oldukça fazla fenotipik farklılıklara rastlanıyor. Proteobacteria buna iyi bir örnek çünkü bu grup içinde rastlanan fizyolojik özelliklerin toplamı, mikroorganizmalarla ilgili olarak bilinen tüm fizyolojik özelliklerin neredeyse tamamına yakındır. Bu yüzden günümüzde bakterilerin sınıflandırılması, genetik özellikler temel alınarak yapılmaktadır.
Filogenetik olarak en eski olan bakteri grubu, tamamı hipertermofilik H2 kemolitotrofları olan Aquifex cinsini ve akrabalarını içerir. Buna yakın diğer soylar olan Thermodesulfobacterium, Thermotoga ve yeşil kükürtsüz bakteriler (Cholorofexus grubu) gibi gruplar da termofilik türler içerir.
Yeşil kükürtsüz bakterileri geçtikten sonra sırasıyla radyasyona yüksek derecede dirençli olan Deinococcus’u içeren deinococci ve akrabalarının, kendilerine özgü morfolojileriyle spiroketlerin (Spirochetes), fototrofik yeşil sülfür bakterilerinin, kemoorganotrofik Flavobacteria grubunun, tomurcuklanan bakteriler olan ve hücre duvarında peptidoglikan bulunmayan Plantomces / Pirella’nın, insanlarda ve diğer hayvanlarda hastalık yapan ve zorunlu hücre içi parazitler olan Chlamydia’nın ve morfolojik açıdan yine kendine özgü özellikleri olan Nitrospira’nın geldiğini görürüz.
Gram pozitif bakteriler, Cyanobacteria, ve Proteobacteria grupları, hakkında en çok bilgi sahibi olunan ve oldukça fazla sayıda cins içeren gruplardır.
Bacteria Alemleri:
1. OP2
2. Yeşil kükürtsüz bakteriler
3. Deinococcus/ Thermus
4. Spirochetes
5. Yeşil kükürt bakterileri
6. Bacteroides – Flavobacteria
7. Plantomces / Pirella
8. Chlamydia
9. Cyanobacteria
10. Gram-pozitif bakteriler
11. Nitrospira
12. Proteobacteria
13. Hyperthermophiles
2. Domain: Archaea – Eski Bakteriler
Archea, Crenarchaeota ve Euryarchaeota adı verilen iki ana alt koldan ve Korarchaeota adı verilen köklere yakın üçüncü bir alt koldan oluşur.
Crenarchaeota çoğunlukla bilinen tüm organizmalar içinde en yüksek sıcaklıklarda yaşayan hipertermofilik türleri içerir. Çoğu hipertermofil kemolitotrofik ototroflardır ve yaşam alanları fotosentetik canlılardan yoksun olduğu için, bu canlılar bulundukları çevredeki tek birinci üreticilerdir. Hipertermofilik crenarchaeotlar yaşam ağacında birbirlerine oldukça yakın ve kısa dallanmalar gösterirler. Bu durum da bu organizmaların evrim süreci içinde oldukça az değiştiklerini gösterir. Böylece, dünya üzerinde yaşamın ilk belirdiği zamanlara yönelik çalışmalar için iyi modeller olurlar.
Euryarchaeota grubu fizyolojik açıdan çok çeşitli türleri içine alır. Bu canlılar çeşitli bakımlardan uç noktalardaki yerlerde yaşarlar.
Korarchaeota sarı bir kaplıca taşı üzerinde yapılan gen analiziyle keşfedilmişti fakat şu anda laboratuar kültürlerinde mevcut. Archaea ağacının köklerine yakın bir noktadan çıkan bu grubun, biyolojik özellikleri açısından çok eski organizmalar hakkında fikir sahibi olmamızı sağlayacağı düşünülüyor.
Enerji metabolizması açısından ele alındığında, çoğu Archaea’nın kemoorganotrofik olduğu, yani organik maddeleri enerji kaynağı olarak kullandığı görülüyor. Ototrofluk da Archaea türleri arasında oldukça yaygın.
1. Crenarchaeota
2. Euryarchaeota
3. Korarchaeota
kaynak: Tübitak
biyolojigunlugu tarafından http://www.biyolojigunlugu.com/regnum-alem-monera adresinde yayımlanmıştır.
